Pirmieji lėktuvai su lietuviškais logotipais pakilo 1919 m. kovo 1 d. Šie aštuoni LVGC VI lėktuvai buvo pirkti Vokietijoje. Oficialiai oro transporto paslaugos Lietuvoje buvo pradėtos teikti 1921 m., kai karo lėktuvai ėmė skraidinti paštą visoje Lietuvoje.

Lietuvos avialinijų veiklos ištakos prasidėjo nuo oro linijų „Lietuvos oro linijos“, įkurtų 1938 m. Tuo metu „Lietuvos oro linijos“ turėjo du septynviečius „Percival Q-6“ orlaivius, įsigytus Anglijoje. Abu orlaivius iš Anglijos parskraidino Dženkaitis ir Mockūnas – mūsų pirmieji oro transporto pilotai. „Lietuvos oro linijos“ skraidė maršrutais iš Kauno į Palanga ir Rygą.

Nuo 1941 m. oro paslaugas perėmė „Aeroflot“. Tik 1990-aisais, Lietuvai atgavus nepriklausomybę, visi gamtiniai ištekliai ir pramonė tapo Lietuvos Respublikos nuosavybe. 1991 m. rugsėjo mėn. Transporto ministerija atkūrė valstybinę kompaniją „Lietuvos avialinijos“, nacionalinį Lietuvos Respublikos vežėją.

Tuo pačiu metu savo veiklą pradėjo „Lietuvos avialinijų“ Mokymo centras. Pagrindinės jo funkcijos buvo parengti aviacijos specialistus, reikalingus naujai atkurtai aviakompanijai, išugdyti savo instruktorius, dėstytojus ir egzaminuotojus, bei organizuoti kartotinius mokymus aviakompanijos personalo reikmėms.

Aviakompanija buvo pirmoji Rytų Europos regione, pradėjusi skraidinti keleivius orlaiviu Boeing 737-200. 1992 m. „Lietuvos avialinijos“ atidarė naujus maršrutus: į Varšuvą, Kopenhagą, Berlyną, Frankfurtą, Maskvą ir Peterburgą. Stiprėjantys asmeniniai prekybiniai ryšiai su Turkija, Kinija, Graikija ir Vidurio Rytais sąlygojo dažnesnius čarterinius skrydžius, maždaug po penkis kiekvieną savaitę. Ypač svarbi diena buvo 1993 m. kovo 8-oji, kai „Lietuvos avialinijos“ prisijungė prie IATA, taip įgydamos tarptautinį oro linijų pripažinimą. „Lietuvos avialinijos“ gavo teisę pardavinėti pasaulinių oro linijų bilietus skrydžiams. Kompanijos skrydžio tvarkaraštis buvo išdėstytas pasaulio kompiuterinės informacijos tinkluose. Aviakompanija prisijungė prie tarptautinės apskaitos sistemos, turėjo laikytis IATA saugaus skrydžio standartų ir tuomet ši svarbiausia funkcija atiteko Mokymo centrui.

2005 m. „Lietuvos avialinijos“ buvo privatizuotos. Vykdant veiklos reformas, Mokymo centras pradėjo savo paslaugas parduoti ir kitiems klientams, todėl jau 2006 m. tapo atskira uždarąja akcine bendrove.

2008 m. Lietuvos civilinės aviacijos administracija akreditavo Mokymo centrą kaip Tipo kvalifikacijos mokymo įstaigą (TRTO – Type Rating Training Organisation), atitinkančią visus tarptautinius tokios mokymo organizacijos reikalavimus. Po kelerių sėkmingų metų, 2008 m. pabaigoje, Mokymo centras persikėlė į visiškai naujas patalpas, puikiai pritaikytas mokymo poreikiams,  įsigijo Boeing 737-300/400/500 ir kovos su ugnimi ir dūmais treniruoklius. Po šių pasiekimų Mokymo centro valdyba priėmė sprendimą nuo 2009 m. suteikti mokymo centrui  „Baltic Aviation Academy“ pavadinimą, atspindintį įsipareigojimus visuomenei ir ambicingus tikslus tapti regiono lydere aviacijos mokymų srityje.

2009 m. Lietuvos civilinės aviacijos administracija suteikė „Baltic Aviation Academy“ Skrydžių mokymo organizacijos (FTO – Flight Training Organization) pažymėjimą.

Šios akreditacijos suteikia akademijai teisę rengti ne tik komercinės aviacijos (CPL), privačius (PPL) pilotus, bet ir tipo kvalifikacijos pilotus (ATPL).