Les premiers aéronefs aux pavillons lituaniens ont décollé le 1er mars 1919. Ces huit aéronefs LVGC VI furent achetés en Allemagne. Officiellement, le transport aérien a commencé en Lituanie en 1921 lorsque des avions militaires ont transporté le courrier dans toute la Lituanie.

L’histoire des lignes aériennes de Lituanie a débuté en 1938 avec l’établissement de la compagnie aérienne Lietuvos oro linijos. A cette époque, Lietuvos oro linijos disposait de deux appareils de 7 sièges Percival Q-6 achetés en Angleterre. Dženkaitis et Mockūnas, nos premiers pilotes de transport aérien, ont piloté le premier vol des deux appareils depuis l’Angleterre. Lietuvos oro linijos opérait des vols de Kaunas vers Palanga et Riga.

A partir de 1941, les services aériens ont été repris par Aeroflot. Avec le rétablissement de l’indépendance de Lituanie en 1990, toutes les ressources naturelles et les industries sont devenues propriété de la République de Lituanie. En septembre 1991, le Ministre du Transport a établi la Compagnie d’Etat Lithuanian Airlines, le transporteur national de la République de Lituanie.

A la même époque, le centre de formation de Lithuanian Airlines a commencé ses opérations. Les principales fonctions étaient de former les professionnels de l’aviation pour la nouvelle compagnie aérienne, d‘entraîner les propres instructeurs et examinateurs, et d’organiser des formations récurrentes pour les besoins internes de la Compagnie aérienne.

La Compagnie a été la première de la région à utiliser des appareils Boeing 737-200. En 1992 Lithuanian Airlines a ouvert de nouvelles destinations: Varsovie, Copenhague, Berlin, Francfort, Moscou et St. Pétersbourg. Les liens commerciaux privés croissants avec la Turquie, la Chine, la Grèce et le Moyen Orient ont entraîné l‘essor des vols charters, en moyenne 5 par semaine. Un événement très significatif s’est produit le 8 mars 1993 lorsque Lithuanian Airlines a rejoint le IATA, qui a légitimé la reconnaissance internationale de la compagnie. Lithuanian Airlines a obtenu le droit de vendre des tickets pour des vols de compagnies aériennes du monde entier. Les horaires des vols de la compagnie ont été diffusés sur les réseaux informatiques globaux. La compagnie aérienne a rejoint le système international de Comptabilité et a rejoint les standards IATA de sécurité des vols, qui fut la fonction clé du centre de formation.

En 2005 Lithuanian Airlines a changé de propriétaire, passant d’un capital détenu par l ’Etat à un capital privé. En résultat, le centre de formation a commencé à former du personnel navigant pour des clients étrangers, et au cours de l’année 2006, fut réorganisé en compagnie privée distincte.
En 2008, l’Autorité de l’aviation civile lituanienne a doté le centre du statut d’Organisme de formation à la qualification de type (TRTO). Après quelques années de fonctionnement avec succès, le centre s‘est orienté vers de nouvelles fonctionnalités, a installé un simulateur de vol Boeing 737-300/400/500 et un simulateur de lutte contre les feux réels et les fumées. En résultat, le conseil du centre de formation a décidé de le nommer Baltic Aviation Academy donnant un important message à la société au sujet de son engagement et de son but ambitieux de devenir un leader dans la région.

En 2009, l’Autorité de l’aviation civile lituanienne a approuvé Baltic Aviation Academy comme Organisme de formation aéronautique (FTO) satisfaisant toutes les exigences internationales des organismes de formation du secteur.