Primeros aviones con logos lituanos despegó el 1 de marzo 1919. Estos ocho aviones LVGC VI fueron comprados en Alemania. Oficialmente, la transportación aérea comenzó en Lituania en 1921, cuando aviones militares llevaron las cartas en toda Lituania.

La historia de líneas aéreas lituanas comenzó en 1938 con la creación de la compañía aérea Lietuvos oro linijos. En ese momento, Lietuvos oro linijos tenía dos 7-asiento Percival Q-6 aviones comprados en Inglaterra. Dženkaitis y Mockūnas, nuestros primeros pilotos de transporte aéreo, pilotearon el primer vuelo de ambos aviones de Inglaterra. Lietuvos oro linijos operaba los vuelos desde Kaunas a Palanga y Riga.

A partir de 1941 los servicios aéreos fueron asumidos por Aeroflot. Con el restablecimiento de la independencia de Lituania en 1990, todos los recursos naturales y las industrias se convirtió en propiedad de la República de Lituania. En septiembre de 1991 el Ministerio de Transportes estableció una empresa estatal Lithuanian Airlines, la aerolínea nacional de la República de Lituania.

Al mismo tiempo, el centro de entrenamiento de Lithuanian Airlines inició sus operaciones. Las principales funciones eran educar los profesionales de aviación para la nueva aerolínea, entrenar los instructores, los examinadores y organizar el entrenamiento recurrente para las necesidades internas de la línea aérea.

La línea aérea fue la primera en la región para comenzar a operar aviones Boeing 737-200. En 1992 Lithuanian Airlines abrió nuevos destinos: Varsovia, Copenhague, Berlín, Frankfurt, Moscú y San Petersburgo. El aumento de los vínculos comerciales privados con Turquía, China, Grecia y Oriente Medio influyó el aumento de los vuelos chárter, con un promedio de 5 a la semana. Un evento muy importante dio lugar el 8 de marzo de 1993, cuando Lithuanian Airlines se unió a la IATA, y eso aseguró el reconocimiento internacional de la aerolínea. Lithuanian Airlines ganó el derecho de vender los billetes para los vuelos de las aerolíneas del mundo. El horario de vuelos de la compañía estaba incluido en redes mundiales de información. La aerolínea se unió al sistema de contabilidad internacional y tenía respetar las normas de seguridad de vuelo de la IATA, que era la función clave del centro de formación.

En 2005 Lithuanian Airlines cambió de dueño de propiedad del estado al capital privado. Como resultado, el centro de formación comenzó a entrenar el personal de vuelo para clientes de fuera, y en el año 2006 se reorganizó en una empresa privada independiente.

En 2008, el centro de formación ha obtenido el certificado de la Organización de Formación de Habilitación de Tipo (TRTO) de la Administración de Aviación Civil de Lituania. Después de algunos años de exitosa operación el centro de formación se trasladó a las nuevas instalaciones, consiguió un simulador de vuelo completo Boeing 737-300/400/500 y el simulador de fuego y humo. Resultado de estos logros fue la decisión de administración del centro nombrar el centro Baltic Aviation Academy así dándole un importante mensaje a la sociedad acerca de su compromiso y su ambicioso objetivo de convertirse en un líder en la región.

En 2009 la Administración de Aviación Civil de Lituania ha aprobado Baltic Aviation Academy como Organización de Formación de Vuelo (FTO), que cumple todos los requisitos internacionales establecidos para los centros de formación correspondientes.

Estas acreditaciones certifican la academia para realizar cursos de pilotos CPL, PPL y ATPL y expedir licencias respectivas.